RebuildAnyTemplateのZipファイルを解凍すると、plugins > 【 RebuildAnyTemplate 】 が展開されます。
この【 RebuildAnyTemplate 】を
Movable Typeのインストール先ディレクトリ
ドメイン > mt > pluginsディレクトリにアップロードし保存します。

※インストール後にはじめてMovable Typeにログインする際には、データベースのアップグレードのメッセージが表示される場合があります。
  画面の指示に従って、データベースのアップグレードを行ってください。