FreeLayoutCustomFieldプラグインでは、個々のフィールドの値を1つのJSONにまとめて、JSON文字列としてデータベースに保存しています。その関係で、検索にはかなり制限があります。
SearchEntriesプラグインを組み合わせれば、「○○フィールドの値が●●である」という検索のみ行うことができます。JSON文字列では、フィールドの値は以下のように保存されますので、この文字列を検索する形になります。

JSON文字列でのフィールドの値の表し方

"フィールド名":"値"

例えば、以下のような状況だとします。

• フリーレイアウト型のカスタムフィールドを作り、そのベースネームを「entry_flcf」にします。
• このカスタムフィールドの中に、「name」というフィールドを定義します。

この状況で、「nameフィールドの値が『太郎』」という条件で検索したいとします。これは、「カスタムフィールドの値に、「"name":"太郎"」という文字列を含む」という条件になります。したがって、以下のようにMTSearchConditionCFLikeタグで検索することができます。

「nameフィールドの値が『太郎』」という条件で検索

<mt:SearchConditions>
  <mt:SearchConditionCFSection field="entry_flcf">
    <$mt:SearchConditionCFLike values='"name":"太郎"'$>
  </mt:SearchConditionCFSection>
</mt:SearchConditions>

これ以外の複雑な検索は、申し訳ありませんが、現状では行うことはできません。